Dexter sesong 2 handlet om The Bay Harbor Butcher, Dexters forhold, Dexters drap, Debras forhold og sersjant Doakes som kom for nært. Det er 38 dager siden Dexter drepte sin bror, The Ice Truck Killer. Debra bor sammen med ham og Doakes følger ham overalt hvor han går, så han har ikke drept noen siden.
Bay havn slakter
Når det blir funnet 13 oppdelte lik i Bay Harbor, starter politimyndigheten i Miami Metro en massiv jakt på en mann som media kaller The Bay Harbor Butcher. Dexter er veldig involvert i saken, med tanke på at likene de fant var hans. Han liker ikke navnet Bay Harbor Butcher og foretrekker i stedet The Dark Defender som noen kaller ham etter at det er avslørt at slakteren bare går etter kriminelle som hadde gledet gjennom loven. Dexter overlever ved å innramme sersjant Doakes for drapene.
Dexters forhold
Dexters forhold blir dypere. Han får vite at faren faktisk ikke døde av hjertesykdom, men at han begikk selvmord etter å ha gått inn på Dexter og jobbet med et av hans drap. Dexter er knust av denne avsløringen, men ender opp med å ha et nærmere forhold til Debra, som bor sammen med ham i flere måneder fordi hun ikke kan sove alene etter å ha oppdaget at Ice Truck Killer var kjæresten hennes.
Rita oppdager at noe skjer med Dexter og antar narkotika. Hun mener at han er heroinavhengig og ber ham gå til et 12-trinns program. På programmet møter han Lila, som tar ham ut på kaffe. Hun ser ut til å kunne virkelig se ham, og det skremmer ham, så han vil ikke gå tilbake. Forholdet til Dexter og Rita er ytterligere komplisert når Ritas mor kommer til å bo hos Rita og forteller henne at Dexter gjemmer noe. Dexter nekter å dra tilbake til NA, så Rita bryter med ham.
Dexter begynner å date Lila når han oppdager at hun kan se monsteret han er, selv om hun ikke vet at han er en morder, og hun bryr seg ikke. Dexter begynner imidlertid å innse at hun er ganske gal og Rita ser ut til å trenge ham. Det kommer som en overraskelse for ham at han virkelig bryr seg om Rita og barna. Dexter bryter med Lila.
Lila begynner å date Angel og bruker ham til å komme til Dexter. Hun bryter også inn i Ritas hus, og til slutt kidnapper Astor og Cody og bringer dem til leiligheten sin. Dexter finner dem der, og Lila låser ham og barna i huset hennes og setter fyr på stedet. De slipper smalt og så finner Dexter henne og dreper henne.
Dexters drap
Mens Dexter deltok i 12-trinnsprogrammet, bestemmer han seg for at han ikke skal gi seg noe lenger. Han finner ut at hans biologiske mor jobbet med Harry som informant, og det var det som fikk henne drept. En av mennene som drepte henne er i fengsel, en død og den andre i vitnebeskyttelsesprogrammet. Dexter går etter den beskyttede og slår ham, men motstår trangen til å drepe ham. Senere finner mannen ham når Lila gir ham adressen. De sloss, men mannen stikker av. Dexter sporer ham til hytta og bestemmer at han er den han er, så han dreper ham.
Debras forhold
Debra begynner å date en fyr fra treningsstudioet hennes, men det tar henne lang tid å stole på ham. Selv etter at hun stoler på ham, innser hun at hun har følelser for spesialagent Lundy, som ble hentet inn for Bay Harbor Butcher-saken. De begynner å date, til tross for forskjell i alder, og Debra er ødelagt når saken avsluttes og Lundy må dra.
Sersjant doakes
James Doakes fortsetter å følge Dexter og prøver å finne ut hemmeligheten hans. På et tidspunkt følger han ham til NA-møtet og mener at han er heroinavhengig, men han finner snart ut at det ikke er sant. Han finner Dexter på hytta og finner ut at han er The Bay Harbor Butcher. De sloss og Dexter låser ham i hytta. Etter mange samtaler med Doakes bestemmer Dexter seg for å gi seg selv, at det vil være lettere for Rita og Deb i det lange løp, men i siste sekund bestemmer han seg for å fortsette med planen om å ramme Doakes som slakter.
Mens han er sammen med Dexter, får Debra en samtale om at de stenger inn på slakteren. Dexter stormer til hytta, men politiet er allerede der og hytta brenner. Senere slår han sammen at Lila hadde brukt GPS-en sin for å komme til hytta. Vel fremme fortalte Doakes henne at Dexter var The Bay Harbor Butcher. Hun skrudde på propanen og tente gasskomfyren, sprengte Doakes for å komme nær Dexter.
Selv om løytnant LaGuerta ikke tror det, er sersjant Doakes offisielt oppført som The Bay Harbor Butcher, og hans død antas å være et selvmord.
Dexter kan jobbe som vanlig.
Andre hendelser fra dexter sesong 2
- Før Dexter drar til NA, har Dexter problemer med å drepe ofrene sine.
- Paul blir drept i en krangel i fengsel, og Dexter forstår ikke Ritas skyld.
- Dexter sier farvel til sin bror, The Ice Truck Killer, ved å kaste dukkehodet han hadde etterlatt til Dexter i vannet.
- Betjent Pascal får LaGuertas jobb, men LaGuerta klarer å få henne sparket ved å forårsake personlige forholdsproblemer når hun i det skjulte sover med forloveden til Pascal.
- Dexter dreper en Bay Harbor Butcher-kopimaskin.
- Lila rammer Batista for voldtekt, og Debra prøver å kjøre Lila ut av byen.
Finn ut hva som skjer i Dexter sesong 3.